台南看西街布道所 (1865年6月16日-1865年7月9日)
1865年5月28日,马雅各正式为基督长老教会传教士与医生双重身份,搭乘 Meta 号在台湾打狗登陆,同行的人有杜嘉德牧师、吴水文、陈子路、黄嘉智、厦门会友李西霖、王阿炎。2-3天后,马雅各进入府城(台南),在北势街(台南市神农街)天利行奈.麦斐儿(Mr. Neil Mcphail) 家作宾客[4]。
1865年6月16日,打狗海关 William Maxwell 顶让他所租的台南府城看西街一屋给马雅各,选择作为布道所(今台南市中西区仁爱街43号),开始传道医病,传道方式则是行医为主,传教为辅。1865年6月16日成为英国长老教会在台湾开始设教的日子,并为全台纪念日。7月9日,马雅各遭到当地汉医的排挤,并有说他取人心、眼睛来制药的谣言出现,受到挑拨的民众,包围医馆,扬言拆除礼拜堂,并出手攻击教会的人,终至引发大暴动,是为“看西街事件”,知县请马雅各在 3 日内撤离。马雅各在府城落脚才短短23天,不得不转移阵地。
马雅各的仁心仁术,远近驰名,常有台湾中部甚至澎湖远道而来求医的人,不少人因为病痛得到医治,开始相信马雅各所传扬的福音真理。教会信众急速增加,常有人远从埤头(凤山)来到旗后做礼拜,1867年7月,他又在埤头之北门外购屋,成立教会兼设医馆,是旗后的第一座西医诊所和礼拜堂,自己奔波于旗后、埤头两地。后来1867年12月13日李庥牧师夫妇( Rev. Hugh Ritchie )自英国来台协助。
1868年3月中旬,马雅各经厦门及汕头前往香港,在香港主教堂与Mary Anne Goodall小姐结婚,由宣维霖牧师(Rev. William Sutherland Swanson)主礼。
1868年(同治7年),李庥抵台的第二年,台湾发生樟脑战争,引发台湾人排斥洋教洋人达高峰,教堂被毁,教民被杀,华洋交殴相继发生。洋人认为地方官纵容,不尊重“条约”所给权益,屡次照会抗议。马雅各赴香港结婚不久,4月11日,高长传道受暴徒殴打、被监禁50日,而埤头礼拜堂遭暴徒拆毁[6]。4月24日,庄清风传道在旧城活活被打死[7]。5月2日,马雅各夫妇于返回台湾。6月,马雅各和李庥联名上书英国驻华公使阿礼国[8],报告在台湾教会受迫害的情形,并请其设法交涉善处。阿礼国致总理各国事务和硕恭亲王,经台湾府打狗领事调查后,要求清廷必须将凶犯从严惩治并将拆抢礼拜堂房屋、家具按价赔补7百62元洋银(礼拜堂之工料3百元洋银、堂内之家具等4百62元洋银)。
1868年7月31日,埤头重修礼拜堂,又被兵勇拆毁。英署领事古必勋(John Gibson)上任,认为事态严重,驰报香港请调兵船,先后有兵船3艘分泊打狗安平,名为保护洋人,实为要挟。9月3日,马雅各被诬告与高长一起杀人埋骨于礼拜堂地下。总理各国事务衙门得报,指示闽省督抚派员会同英国领事迅速侦办,于是福建兴泉永海防兵备道曾宪德受委派专责办理。曾宪德于11月8日抵台。11月25日,英兵官茄当(Lieut Gurdon)在安平开炮,翌日突袭安平协署,副将江国珍于负伤后服毒殉命;后亦向商民勒去兵费。至12月1日,曾宪德与吉必勋成立8 项协议,解决樟脑纠纷。
12月21日,马雅各陪英舰 H.M.S.Rinald 号舰长 Lord C.Scott、安平领事 Mr.Gibson、厦门英领事 Mr. Robert Swinhoe往埤头,和福州道台处理教会迫害事件,历时 40天。最后清廷赔教会1千176元完案,承认传教师在台湾各地有传教居住之权,及“将来如有纠纷,由中外会审”等传教的保障,宣教师因而得到前所未有的发展空间。马雅各决定重回台南府城,他在打狗的居所不幸遭到火灾,失去了所有结婚礼物。
台南亭仔脚礼拜堂 (1868年12月26日-1871年11月)
1868年11月25日,马雅各由海路自打狗抵安平[9]。1868年12月26日,马雅各带着助手吴文水、高长回到台南。1869年1月中旬,在城南二老口街府东巷尾(现今台南卫民街与北门路口,台南启聪学校博爱堂附近)租得占地一千四百坪大的许厝旧楼,设立一个规模更大的医馆[10]。此厝典自“金继成”(Kim Ke-seng),为廪生许建勋(素为英商怡记洋行伙)所设之行[9]。为别于后来近东门所建的新楼医院,民间俗称这座二老口医馆为“旧楼医院”。[11]6月26日,台南首批 7 人在二老口礼拜堂受洗,由李庥牧师施洗。
7月,马雅各于热闹的亭仔脚街(台南市青年路由府城隍庙到民权路这一段,古名“府口街”,府指的即是府署,民间俗称"亭仔脚街"),(亭仔脚是骑楼的意思,商业街屋退出骑楼空间让行人可遮阳避雨,同时可以摆设货物进行商业活动) 租得一民房,开设亭仔脚礼拜堂(现今台南市青年路111号),亭仔脚礼拜堂是今日台湾基督长老教会太平境教会(台南市公园路6号)的前身。9月2日,亭仔脚礼拜堂5人受洗,由李庥牧师施洗。
1870年4月1日,设立木栅礼拜堂,约120人参加礼拜。4月12日,马雅各夫妇拜访木栅2周。1871年1月8日,马雅各主持开设可容纳200人之柑仔林礼拜堂,当天约100人参加礼拜。1月15日,参加拔马新礼拜堂献堂。2月10日,徳马太医生(Dr. Matthew Dickson)来府城协助,他是英国长老教会驻台第2位医疗宣教师[12]。
马雅各发觉单纯、朴实的原住民,对福音的接受度比汉人高,因此,在台期间,足迹遍及玉山及中央山脉,翻山越岭,深入平埔族各 部落行医传道。短短几年,他把英国长老教会的福音种子,散播到台湾大甲溪以南的中南部地带,设立了三个教区:第一教区,南区西拉雅族(木栅、左镇);第二教区,中区和雅族(白河、嘉义);第三教区,北区巴宰族(埔里、丰原、神冈)。
马雅各在台湾服务期间,发现小小的海港村镇,运鸦片的船只多过运粮食的船只, 每当看到吸食鸦片者瘦弱无神的面孔,就十分心痛。后来他回英国后,宁受毁谤攻击,也要反对英政府贩售鸦片给中国。
1871年,马雅各夫人Mary初次怀孕,因身体不适必须返英待产,马雅各因事工缠身无法同行,3月19日,怀孕的马雅各夫人独自搭船返回英国,沿途颠簸辛劳,母子健康均有损伤。4月,马雅各与汤姆森自厦门来台,8月7日,马雅各报告记载,从事台语新约圣经翻译。
1871年11月,马雅各离台,由1871年2月10日抵台湾的德马太医生(Dr. Matthew Dickson)接替二老口医馆的工作。1878年1月8日德马太医生辞职回国,医馆至1879年1月14日安彼得医生(Dr. Peter Anderson)抵台后才重开。[13][14]安彼得医生接任院长后,因患者人数增多而着手购地建立新医院。1900年东门新医院落成,4月17日由旧楼迁移到新楼,命名“新楼医院”。[10]
1871年12月5日,马雅各的长子马士敦(台湾译:马约翰, John Preston Maxwell)出生于伯明翰,而马雅各此时尚未抵达英国。马雅各返英之后,因多年劳累健康大损,无法再回台湾。