杨格非对于中国教会的另一项主要贡献是写作和翻译。杨格非通过努力,能够熟练地使用中文,说、写都非常流利。他雄辩的口才,使得他在中国人中深受欢迎,吸引了大批群众来听他的讲道。1876年,杨格非在汉口创办了华中圣教书会,专门编印布道单张与小册子,供外出传教散发,以补外国传教士运用汉语不便之弱点(据1899年统计,全国基督教所用的街头布道文字材料80%以上为该会印刷)。杨格非不仅多年担任圣教书会的负责人,他自己也是一个多产的小册子作者,写作了难以计数的广受欢迎的福音小册子。他还从事圣经的翻译工作,曾经将新约和部分旧约翻译成一种以上的中国方言,又将新约、诗篇和箴言翻译成浅文理译本,1885年出版。他也曾翻译了官话新约,在1889年出版。杨格非在训练和指导众多的中国传道人方面做得特别成功,他在长江流域创办了一所以他名字命名的培养本地传道人的神学院。1899年,他在汉口后花楼居巷(今交通巷)创办博学书院(英文校名:Griffith John College 杨格非学院,武汉市第四中学的前身)。
1905年在主日讲道时突然中风,偏瘫卧床。1911年10月武昌首义爆发,由其女婿施伯珩等护送乘英轮离开汉口,1912年1月返回英国。这时杨格非已经在中国定居了55年,其间回国只有3次。
1889年,杨格非被选为英格兰与威尔士公理会全国协会主席,但他拒绝了这个荣誉,继续留在汉口,住在他所热爱的中国人中间。同年,出于对他在中国传教工作的赏识,爱丁堡大学授予他神学博士学位。